Sebagai bentuk integritas akademik, maka Jurnal Kedokteran Ibnu Nafis akan mengecek similaritas dari artikel-artikel yang akan diproses. Editor akan mengecek similaritasnya menggunakan aplikasi Plagiarisme Checker X pada setiap artikel yang masuk sebelum dilanjutkan ke proses berikutnya. Batas toleransi artikel yang dapat dilanjutkan ke proses reviewer adalah dibawah 20%. Artikel dari hasil perbaikan akan tetap dicek kembali similaritasnya, untuk memastikan similaritas artikel sudah berada dibawah 20%.